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单核苷酸多态性( SNP )实验

SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即单核苷酸多态性 ,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。置于玻璃匀浆器中，加入1ml的细胞裂解缓冲液匀浆至不见组织块，转入1。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP ,无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微标记(STR) ,都要广泛得多。

实验方法原理:

SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP ,无论是比较于限制性段长度多态性(RFLP)分析还是微标记(STR) ,都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。miRNA测序microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链）但是和siRNA密切相关。-般认为,相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。 于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型( haplotype b大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。-个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。

STR检测

短串联重复(Short tandem repeats, STR)，又称微wei星DNA(Microsatellite DNA)或简单重复序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR)，是广泛存在于原核生物和真核生物基因组中的核苷酸重复序列。目前常用的RNA干扰手段为miRNA、shRNA和siRNA等。有丝分裂过程中DNA链之间的错配引起的fu制滑动被认为是导致STR产生的较为常见原因，并且依据不同fu制单元大小的不同以及不同物种之间，fu制滑动发生的概率也不相同。

STR是以序列 (core repeat units) 首尾相连多次重复形成。每个STR的序列结构相同，长度为2-6bp，但其重复单位数目和重复区域的长度不同，因此STR在不同种族、不同人群之间的分布具有差异性，构成了STR遗传多态性。于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型(haplotypeb大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。不同个体之间在一个同源STR位点的重复次数也不同，因而同指纹识别一样，STR位点分析也可对个体进行身份识别。通过识别个体基因组在特定位点的特定序列重复，即可创建其基因档案。基于此，STR分析法已经成为一种重要的鉴定分析方法，应用于法医学、qin子鉴定及细胞鉴定等领域。

高l效液相色谱法检验方法

高l效液相色谱法是一种现代液体色谱法，其基本方法是将具一定极性的单一溶剂或不同比例的混合溶液作为流动相，用高压输液泵将流动相注入装有填充剂的色谱柱，注入的供试品被流动相带入柱内进行分离后，各成分先后进入检测器，用记录仪或数据处理装置记录色谱图或进行数据处理，得到测定结果。在逆转录酶的作用下，以病毒RNA为模板合成cDNA再通过DNA、转录、翻译等过程形成病毒颗粒。由于应用各种性质的微粒填料和加压的液体流动相，本法具有分离性能高，分析速度快的特点。

高l效液相色谱法适用于能在特定填充剂的色谱柱上进行分离的药品的分析测定，特别是多组分药品的测定、杂质检查和大分子物质的测定。有的药品需要在色谱分离前或后经过衍生化反.应，方能进行分离或检测。逆转录病毒载体主要优点：转染范围广，可以各种细胞类型，转入的外源基因可完全融合，对细胞率高，细胞不产生病变，可建立细胞系长期持续表达外源基因。常用的色谱柱填充剂有硅胶用于正相色谱;化学键合固定相，根据键合的基团不同可用于反相或正相色谱，其中常用的是十八烷基硅l烷(又称ODS)键合硅胶，可用于反相色谱或离子对色谱离子交换填料，用于离子交换色谱，是有一定孔径的大孔填料，用于排阻色谱。

RNA提取及注意事项

研究基因的表达和调控时，需要从组织或细胞中分离纯化RNA。RNA质量的高低经常影响RT-PCR、cDNA库构建和Northern Blot等分子生物学实验的成败。

主要试剂

Trizol是一种新型总RNA抽提试剂，内含异硫酸胍等物质，能迅速破碎细胞，抑制细胞释放出的核酸酶。

1.

Trizol试剂含有，具有毒性和刺激性，注重操作。

2.

RNase污染的主要来源是操作过程中手和空气中的浮沉，注重配带手套，样品尽可能盖严。

3. 细胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全会降低后得率，因为一部分RNA会残留在未裂解的细胞中。细胞裂解之后要看不见颗粒状物质（结缔组织和骨除外）。在清洗和裂解细胞时在低温下操作，防止在操作过程中释放的内源RNase降解了RNA。

4. 酵母和一些细菌由于细胞壁的特别结构，可以加入Trizol试剂同时加入无RNase的玻璃珠并剧烈振荡，使细胞裂解充分。

2-8℃ 避光保存一年。