商洛荧光定量pcr***系统模型「多图」

转录组测序

转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不相同的。转录组测序（RNA-Seq）是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，快速地获取某一物种特定qi官或组织在某一状态下的转录本。技术流程细胞交联-→细胞裂解-→免l疫共沉淀→去交联→RNA分离→建库→高通量测序(或qPCR)。相对于传统芯片而言，RNA-Seq无需预先设计探针，即可对物种的细胞类型的转录组进行检测，能够提供较的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的良好工具。

单核苷酸多态性( SNP )实验

SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即单核苷酸多态性 ,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP ,无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微标记(STR) ,都要广泛得多。过程是将DNA样品先经盐酸或氢l氟酸水解成碱基，水解产物通过色谱柱，结果与标准品比较，用紫外光测定吸收峰值及其量，计算5mC/(5mC+5C)的积分面积就得到基因组整体的甲l基化水平。

实验方法原理:

SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP ,无论是比较于限制性段长度多态性(RFLP)分析还是微标记(STR) ,都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。-般认为,相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。 于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型( haplotype b大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。-个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。

RIP

技术概述

RIP是研究体内蛋白与RNA互作的重要技术。线粒体的组成可以从两个层面上反映物种及群体的遗传和进化，即核酸序列组成和基因组的结构特征，两者的特征具有不同的进化机制和进化速度，在进化生物学研究中可以很好的互补。该技术先用甲醛等试剂交联细胞内的“蛋白-RNA”互作复合物，裂解细胞后，用靶蛋白特异的抗l体(或标签抗l体)做免l疫沉淀，获得“靶蛋白-RNA”互作复合物，去交联分离其中的RNA;针对预测的靶蛋白结合RNA的序列设计引物，

做qPCR实验，验证预测的RNA是否与靶蛋白有结合，或者将分离出来的RNA做高通量测序，筛选到可能与靶蛋白结合的RNA。

技术流程

细胞交联-→细胞裂解-→免l疫共沉淀→去交联→RNA分离→建库→高通量测序(或qPCR)。