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发布时间:2022-04-17 08:49:00 作者:英瀚斯
2.引物纯化方式有哪些,如何选择?
◆ 脱盐
寡核苷酸合成后,为了纯化寡核苷酸成为天然的DNA结构,首先必须去除保护基团。通过浓氨水处理,合成的寡核苷酸从固相载体上分离,2-乙氧基--磷酸二脂键的保护基团,以及碱基的保护基团基(苯甲酰基和异丁基)被去除,从而形成了天然的DNA结构。然而,必要的去保护步骤完成后,寡核苷酸混合物还包含几种必须被去除的小分子有机化合物。所有非必须有机化合物被移除的过程通常叫做脱盐。但是长期以来,大规模的蛋白质表达分析谱并没有提升我们对生物标志物的认识,其主要原因是差异蛋白的分析结果缺乏规模化的验证。脱盐纯化可以借助反向硅胶柱进行。尽管脱盐纯化可以移除所有的非必须有机杂质,但它不能有效移除合成中产生微量的提前终止的寡核苷酸杂链。然而,脱盐的寡核苷酸还是能够满足PCR检测等基础生物研究。
◆ BioRP / OPC纯化
如果寡核苷酸以“三苯”的形式合成,则N-寡核苷酸包含5’-DMT基团,提前终止的寡核苷酸不包含该基团。因为DMT基有强的亲脂的特性,有5’-DMT基团的寡核苷酸与反相树脂有亲和性,因此反相亲和树脂通常被用于寡核苷酸的纯化。衣壳里是线状双链DNA分子,两端各有长约100bp的反向重复序列。利用反向树脂和5’-DMT寡核苷酸存在强亲和力,但是提前终止的寡核苷酸不包含DMT基团,所以,我们能够成功的把想要的N-寡核苷酸从提前终止的寡核苷酸杂质中分离出来。
25.PCR扩增不出就引物有问题吗?
答:基本不是。当今发展出各色各样的PCR扩增技术,各色各样的高温聚合酶,就是来解决PCR扩增中遇到的扩不出、扩增效率低的问题。如巢式PCR就是扩增那些拷贝数很低的基因片段。置于玻璃匀浆器中,加入1ml的细胞裂解缓冲液匀浆至不见组织块,转入1。 有些重复片段的扩增, GC含量高的片段,非要采用特殊扩增手段才能扩增出了。
引物扩增不出,主要是下列两种情况比较常见:
(1) RT-PCR。请注意,很多基因通过常规RT -PCR方法是很难扩增出来的。 RT- PCR成功的关键在于RT的反应的RNA质量和目标基因在特定组织和细胞中含量。
(2)从基因组中扩增。一般情况下,基因在基因组中都是单拷贝,基因组作为模板需要严格控制用量。基因组DNA过高,会影响反应体系中的Mg和pH
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